De toren is in 1238 met 2½ meter verhoogd tot de huidige hoogte van + 30 meter. In verband met de bouwvallige toestand van de toren op 5 september 1800 had men het voornemen om deze af te breken.
Vervolgens sloeg in juli 1858 de bliksem in de toren.
In 1860 werd echter besloten om de toren te restaureren, de kosten hiervoor bedroegen 370 guldens. Een geheel nieuwe toren zou 1000 guldens méér kosten. Geen moeilijke keuze voor de toenmalige kerkvoogden! De kerk bezat zelf nog enig hout, dat bij de reparatie gebruikt kon worden wat de kosten drukte.
De toren staat eigenlijk nog in het middenschip; ingebouwde toren. Maar de toren is minder breed dan het middenschip. Daar tussen zit nog een ruimte.
Al deze ruimten heeft men vroeger niet onbenut gelaten men heeft er nevenruimten (een soort bij-ruimten) van gemaakt. Zowel aan de Noord- als Zuidzijde zijn er twee nevenruimten. Eén boven (boven nevenruimte) en één onder (beneden neven ruimte).
Wat de bovennevenruimten betreft:
— beide bovennevenruimten hebben aan de zijde van de vroegere buitenmuren een dichtgemetseld cirkelvormig raam. (Deze dichtgemetselde ramen zitten op dezelfde hoogte als de half dichtgemetselde ramen in het middenschip. Deze ramen zijn later dichtgemetseld vanwege de aanbouw van de zijbeuken).
- beide bovennevenruimten hebben aan de oostkant een doorgang naar het middenschip.
— de zuidelijke bovennevenruimte heeft aan de westkant een nis.
Waarschijnlijk zijn de beide bovennevenruimten vroeger d.m.v. een vloer met elkaar verbonden geweest.
Zo vormden de bovennevenruimten met torenmiddenruimte één geheel, dat overwelfd werd met een gewelf. Door deze vloer kreeg je een boven- en benedenverdieping.
Over deze bovenverdieping gaan we het nu verder hebben. Alle schrijvers zijn het met elkaar eens, dat deze bovenverdieping als een kapel dienst deed.
Maar door wie werd deze kapel dan gebruikt? Voor wie was die kapel bestemd?
Volgens Dr. Glazema (Kerk en toren te Oene-Veluwe-, Dr. Glazema, 1949) zijn op die vragen verschillende antwoorden mogelijk.
1. Het zou een bevoorrechte plaats kunnen zijn van een abt of de heer van een plaats. (Abt is mogelijk, want Oene had een klooster; Niklaas Boudewijn).
2. Kapel voor de verering van een heilige of van bepaalde relikwieën (er zit een nis in de zuidelijke bovennevenruimte)
3. Plaats voor het koor.
4. Plaats voor de zusters van het in het dorp gevestigde nonnenklooster Nazareth.
De heer J.J.F.W. van Agt (In: Gereduceerde westwerken in het oude Friesland - J.J.F.W. van Agt, 1951) zegt, dat de bovenverdieping een kapel was voor de verering van een heilige. En hij weet ook wel wie! Hij heeft daar een hele verklaring voor. Deze zelfde schrijver verklaart ook waarom de Kerk in Oene zoveel lijkt op kerken in Friesland (voor) wat de ingebouwde toren betreft).
Oene lag vlakbij de IJssel (een druk bevaren waterweg) en Deventer. Deventer was vroeger een stapelplaats van tufsteen. Deze steen werd via Rijn en IJssel naar Deventer gebracht. Vanaf Deventer haalden de Friezer bouwers hun tufsteen voor hun kerken Waarom zouden de Friezen dan geen aanwijzingen hebben gegeven aan de bouwers van de Kerk in Oene! Bij deze verklaring worden volksgeloof en Christendom er bij gehaald.
In de middeleeuwen was het westwerk (ingebouwde toren aan de westzijde van de kerk; (dit klopt, want de toren van de Kerk van Oene staat aan de westzijde van de Kerk) het grote bolwerk, dat de Kerk beschermde tegen de machten van de duisternis.
Want volgens het volksgeloof huisden de boze machten in de lucht en hadden ze een uitwijkplaats in het Westen, waar de zon onderging. Als het Christendom in latere eeuwen meer in tel komt en bewijst meer waard te zijn dan al die leugenachtige volksverhaaltjes — wordt de aartsengel Michaël aangeroepen als de beschermer in de strijd tegen de boosheid. Kortom, de strijd tussen goed en kwaad, licht en duisternis.
Het is niet echter zo vreemd, dat de aartsengel Michaël wordt aangeroepen, want die staat zelf als overwinnaar van de duivel in de Bijbel. (Openbaring 12: 7 tot en met 12) Deze beschermer werd vereerd op hooggelegen plaatsen, wat ook weer in overeenstemming was met het oude volksgeloof, want men vereerde vroeger hun heidense godheden op hooggelegen plaatsen.
De torenkapellen waren dus geschikte plaatsen om aan Michaël te wijden.
Daar de kapel in Oene uitzag op de kerkruimte (i.v.m. een eventuele te houden dienst) en er een nis in de Zuidelijke bovennevenruimte zit, is het zeer aannemelijk om het een Michaëlskapel te noemen. De plaats als zangerstribune (koor) was te klein. Als (ere)plaats voor nonnen of adellijke heer kon het ook niet worden gebruikt.
