Enige jaren na de vergroting van de kerk in 1951 vond van 1959 tot 1962 de restauratie plaats, waarbij men ook een beter zicht kreeg op de bouwgeschiedenis. Gelijktijdig greep men de kans aan om de onder gekalkte muurschilderingen (fresco’s) bloot te leggen. Oud- en nieuwbouw staan haaks op elkaar, met de banken en stoelen gericht naar de kansel. Een bijzondere oplossing, geboren uit een nijpend ruimtegebrek voor de talrijke kerkgangers.
Men heeft getracht de oude kerk zo min mogelijk schade toe te brengen, wat gezien de omstandigheden vrij goed is gelukt.
Het intieme en sfeervolle karakter van de kerk is ondanks deze uitbreiding gespaard gebleven.
De kerk bezit een merkwaardige torenpartij met lage aangebouwde zijruimten, die van een verdieping voorzien zijn. Van de nu niet meer aanwezige verdieping in het torenportaal, waarop de kleine zijgalerijtjes aangesloten waren, hadden de nonnen van adel uit het klooster “Nazareth” oorspronkelijk zicht in het schip en het altaar in het priesterkoor.
Deze bouwwijze is een zogenaamd ”gereduceerd westwerk” dat wil zeggen, de toren is aan de westzijde van de kerk ingebouwd tussen twee zijbeuken. Het grote bolwerk ”westwerk” beschermde de kerk tegen de machten van de duisternis. Want volgens het volksgeloof huisden de boze machten in de lucht en hadden de uitwijkplaats in het westen, waar de zon onderging.
Als het Christendom in latere eeuwen meer in tel komt en bewijst meer waard te zijn dan al die leugenachtige volksverhaaltjes, wordt de aartsengel Michaël aangeroepen als de beschermer in de strijd tegen de boosheid.
Kortom, de strijd tussen goed en kwaad, tussen licht en duisternis.
NB. Het is niet zo vreemd, dat de aartsengel Michaël wordt aangeroepen, want die staat zelf als overwinnaar van de duivel in de Bijbel. (Openbaring 12 vers 7 t/m 12)
In het noorden van Nederland, Friesland en Groningen, vindt men meer voorbeelden van zogenaamde ”gereduceerde westwerken”.
In het boek van J.J.F.W. van Agt “Gereduceerde Westwerken in het oude Friesland”, bladzijde 57 tot en met 79, wordt uitvoerig gesproken over westwerken en Michaëlsverering ook in Oene!!!
Het westwerk sloot aanvankelijk aan tegen een éénbeukige, aan de kerk van Epe onderhorige kapel, welke in 1238 tot zelfstandige parochiekerk van Oene werd verheven. Dit is nog te zien aan de twee bisschop inwijdingskruisen welke zich aan de binnenzijde van de pilaren bevinden tegenover de kansel.
In dit zelfde jaar werd de éénbeukige kapel uitgebreid met een noorder- en zuiderzijbeuk tot een driebeukige kerk. Bij deze bouwoperatie werden de Romaanse schipmuren doorbroken. Het middenschip moest hiervoor met 1.90 meter verhoogd worden om vorenstaande uitbreiding mogelijk te maken.
Na 1238 is de kerk uitgebreid met een klein koor (volgens de Rijksdienst voor Monumentenzorg is dit te zien aan de afbeelding van Christoforus vermoedelijk uit de 13e eeuw) en een noorder- en zuiderzijkapel.
De Sluitsteen (afbeelding van een hoofd) in dit kleine koor is waarschijnlijk de afbeelding van de patroonheilige Dionysius, aan welke de kerk in + 1176 gewijd is. Deze Dyonisius was bisschop van Rome van 259 tot 268, opvolger van Syxtus I.
Omstreeks 1440 – 1490 is men overgegaan tot een ingrijpende uitbouw van de kerk met een gotische koorpartij, welke bekostigd werd door pater Niklaas Boudewijnsz, onder de voorwaarde dat hij na zijn dood in het koor van de kerk begraven zou worden. Dit is dan ook de enige persoon die in 1491 werd begraven in de Oener kerk. Eeuwen later, in het jaar 1999 is in Oene een nieuwe straat ”Boudewijnsweg” naar hem vernoemd.
Opmerkelijk was verder de bouw van een doopkapel tegen de westmuur van de toren ter hoogte van de zuiderzijbeuk. Thans niet meer aanwezig maar aangegeven in het bestratingpatroon aldaar.
De gerfkamer of sacristie ontstond in de 16e eeuw, nadat de beide zijbeuken met één travee (gewelfvak) verlengd waren.
Een geheel eigen geschiedenis heeft de toren. Het vormt het oudste deel van de kerk, die stamt uit de 12e eeuw. In 1800 werd de tufstenen toren zo bouwvallig, dat vernieuwing of vervanging niet langer uit kon blijven. De toenmalige kerkvoogden moesten echter erg zuinig met de financiën omspringen, zodat voor het herstel van de toren bij verschillende bedrijven prijsopgave werd opgevraagd. Men raamde de kosten van reparatie op 370 guldens; een geheel nieuwe toren zou duizend guldens méér kosten. Geen moeilijke keuze voor de kerkvoogden! De kerk bezat zelf nog enig hout, dat bij de reparatie gebruikt kon worden en dat drukte de kosten.
